Présentation
BIDS (Brain Imaging Data Structure) est un formalisme de structuration de données d’études en neuro-imagerie fonctionnelle introduit en 2016 par Krzysztof J. Gorgolewski, Russell A. Poldrack et leurs co-auteurs. BIDS s’inspire fortement du format utilisé par le dépôt OpenfMRI (désormais connu sous le nom d’OpenNeuro.org).
L’article fondateur de ce travail a été publié dans la revue Scientific Data
Gorgolewski, K. J. et al. The brain imaging data structure, a format for organizing and describing outputs of neuroimaging experiments. Sci. Data 3:160044 doi: 10.1038/sdata.2016.44 (2016).
Le site Web de BIDS est accessible à l’adresse suivante : http://bids.neuroimaging.io/
BIDS est défini par ses auteurs comme un moyen simple et facile à adopter permettant d’organiser l’imagerie cérébrale et les données comportementales d’études en neuro-imagerie.
Ses avantages sont multiples :
- Il existe un nombre croissant de logiciels (de niveau international) d’analyse de données (analyse qualité, pré-traitements, analyse statistique, …) qui travaillent avec des données organisées selon BIDS (voir http://bids.neuroimaging.io pour la liste la plus à jour).
- Les bases de données telles que OpenNeuro.org acceptent les ensembles de données organisés selon BIDS. Si vous prévoyez de partager vos données publiquement (de plus en plus de revues l’exigent), vous pouvez minimiser le temps et l’énergie supplémentaires consacrés à la publication et accélérer le processus de conservation en utilisant BIDS pour structurer et décrire vos données immédiatement après leur acquisition.
- L’organisation des fichiers et leur format étant entièrement décrits dans la formalisme, il est facile pour un autre chercheur de travailler sur vos données.
- Il existe des outils de validation qui peuvent vérifier l’intégrité de votre ensemble de données et vous permettre de repérer facilement les valeurs manquantes.
BIDS au Centre IRM
BIDS est utilisé au Centre IRM depuis l’installation de la Prisma 3T. L’ensemble des données acquises (au format DICOM) dans le cadre de protocoles de recherche sont converties au format NIfTI, organisées et archivées selon ce formalisme, en y intégrant les éventuelles données comportementales (issues du système de stimulation) et certains pré-traitements (cartes de champ par exemple)
La cohérence des datasets est garantie par l’utilisation d’un validateur en ligne : https://bids-standard.github.io/bids-validator/
Par ailleurs, l’utilisation de ce formalisme a permis le développement de procédures complètes et détaillées d’analyse qualité.
Les modalités aujourd’hui gérés en routines sont :
| Modalité | Type de données | Description |
|---|---|---|
| T1w | Anat | Pondération T1 |
| T2w | Anat | Pondération T2 |
| T1map | Anat | Carte quantitative T1 |
| MPRAGE | Anat | |
| TOF | Anat | Imagerie angiographique en Temps de Vol |
| bold | Func | Imagerie fonctionnelle BOLD |
| SBref | Func | Images de référence "Single Band" lors d'acquisitions multi-bandes |
| dwi | dwi | Imagerie pondérée en diffusion |
L’intégration des données en multi-écho est en cours.